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      由于有機肥給土壤帶來了大量的有機質(zhì)、養(yǎng)分及微生物，改善了土壤的物理性質(zhì)及生物化學性質(zhì)，尤其是有機肥給土壤增加的大量微生物群，對提高土壤肥力及增強植物抗病性有非常顯著的作用。

有機肥主要通過三種途徑減輕作物病害：

一是肥料中的功能性微生物生長繁殖，在作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)形成優(yōu)勢種群，抑制其它有害微生物的生長繁殖，甚至對部分有害病原菌產(chǎn)生拮抗作用，減少了有害微生物的危害機會。尤其是一些拮抗菌和腐生菌數(shù)量的增加能夠有效的抑制病原菌，起到預防土壤病蟲害的效果。

二是功能性微生物在生長繁殖過程中向作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)分泌各種代謝產(chǎn)物，這些代謝產(chǎn)物能夠刺激作物生長，提高作物抵抗不良環(huán)境的能力。

三是有機肥營養(yǎng)元素全面，含有豐富的有機質(zhì)、氮磷鉀及微量元素，使作物植株生長健壯，具有良好的株型和合理的群體，增強作物的抗病性，減少病害的發(fā)生。

       當植物已經(jīng)受到病蟲害侵染時，通過施用有機肥料，可以增強土壤中微生物的活性，使其中的大量有益菌與病原菌之間展開激烈的營養(yǎng)競爭，而且有機肥料中會增加大量有益菌的種群數(shù)量，這樣一來就使得有益菌在與病原菌之間的斗爭中能夠占得有利地位，而且微生物還有助于土壤中難溶性磷鉀和微量元素的轉化和釋放，從而能夠有效抑制病原菌孢子的萌發(fā)，也就減輕了土壤病蟲害傳播的進一步發(fā)生。

       有些研究認為，有機肥的浸提液能夠產(chǎn)生抑菌作用，主要機理是其中含有某些特定微生物產(chǎn)生的抗生素物質(zhì)，可以破壞病原菌菌絲細胞、厚垣孢子、卵孢子、孢子囊以及游動孢子。有機肥料中的大量有益微生物能夠在病原菌菌絲上寄生，使病原菌的細胞破裂以致死亡，能夠很好的抑制土壤病原菌的繁殖。